En el papel de la teniente Ellen Ripley, el jugador experimenta una historia vagamente ambientada de las tres primeras películas de la franquicia Alien.

La historia se cuenta a través de informes de misión basados en una pantalla inicial de texto que guía al jugador a través de una historia extendida y orientada a la acción, basándose más en una adaptación a videojuego y a los personajes de la franquicia en lugar de ser una adaptación fiel hacia las películas.

El videojuego comienza con una introducción en CGI, en la que Ripley junto con un grupo de Marines (visualmente parecidos a los de la película Aliens: El regreso) van en una nave con dirección a LV-426 para restaurar la comunicación con la colonia presente, donde será el inicio de la acción de la historia.¹​

En el proceso, los Marines son brutalmente asesinados por un Alien, Ripley siendo la única sobreviviente a la emboscada, decide adentrarse dentro de las instalaciones, pasando por muchos de los lugares vistos en las películas. Para llegar al final a enfrentarse a la Reina Alien y destruir la nave infectada que provocó todo lo anterior.