En esencia, el argumento es igual al de la película: 200 años después de los hechos ocurridos en Alien 3, un grupo de científicos experimenta la clonación en la USM Auriga y tras ocho intentos fallidos logran clonar a la teniente Ellen Ripley​ gracias a unas muestras de ADN tomadas tras su muerte. También le extraen el embrión de la Reina (que había estado creciendo dentro de ella al morir), para su uso posterior; Pero el experimento se sale de control, y los Xenomorfos clonados logran escapar asesinando a sus tripulantes y tomando el control de la nave. Junto con un grupo de mercenarios que terminaron a bordo de la nave, Ripley debe aliarse con ellos para sobrevivir al ataque antes de que la nave llegue a la Tierra. Sin embargo, los hechos que ocurren durante la trama sufrieron una serie de cambios en el juego.